本期节目，我们邀请到硅谷AI生物科技新锐公司EvolutionaryScale的机器学习工程师Tina，一起深入探讨蛋白质生成式AI模型ESM3如何颠覆传统生物研究。从Meta实验室被裁到组建初创公司，再到加入扎克伯格生物中心，这支团队如何用“科技公司思维”破解蛋白质设计难题？我们还将讨论AI制药的现状、模型可解释性的挑战，以及硅谷工程师如何用“初学者心态”推动基础科学。本期嘉宾:Tina｜Evolutionary Scale机器学习工程师，前自动驾驶领域产品经理，从零转型AI生物领域的跨行者时间轴：06:10 AI制药行业光谱：传统药厂 vs. 科技巨头08:00 为什么AI特别适合解决生物问题？12:39 “失败经验限制想象力”：科技公司背景团队的“初学者心态”优势17:48 蛋白质结构预测的演进史23:43 Scaling Law的坚定信仰: 为何相信“数据+算力”优于复杂模型架构？27:07 最浪漫的评估指标：生成具有发光功能的GFP蛋白质，模拟自然界5亿年演化32:32 AI制药的现实挑战：结构预测的“失之毫厘，谬以千里”、毒性、特异性等临床前障碍相关提及: 公司：Evolutionary Scale, Meta FAIR, Google Health, OpenAI, Chan Zuckerberg Biohub 文章：《The Bitter Lesson》我们的小红书账号也开始运营啦！如果不想要错过我们的内容更新，欢迎大家关注我们的小红书账号 @八爪鱼bioctopus🐙 感谢收听！欢迎订阅、转发给身边感兴趣的朋友们！关于我们:小羊 - 生物科技公司生信岗打工人，专注于肿瘤精准医疗。什么都想学一学，想要成为生活杂家，攀岩烘焙修炼中。Alex - 计算机生物PhD在读，梦想成为生命探险家，过有趣的一生。小泽 - 非典型生物物理学博士生，从力学跳槽到生物领域，身体力行成为了无知者无畏的真实写照😅，目前专注单细胞测序技术开发。
本期节目，我们对话位于硅谷的初创公司Kepler AI的两位联合创始人Ashton与Quinn，深入探讨AI Agent如何解决生物信息学中的"最后一公里"难题，科学家与AI的合作新模式，以及从大厂到创业的心路历程。Kepler AI是一家位于硅谷的初创公司，专注于开发企业级别的生物信息AI Agents，加速科学发现。时间轴：02:15 - 为什么生物信息学需要AI Agent？生物信息学领域知识碎片化，湿实验专家、数据分析师和软件工程师之间存在巨大沟通壁垒。LLM技术在工具调用和自然语言交互上的突破赋能各个职位。08:30 - Kepler的应用场景湿实验科学家现在无需编写代码就能分析自有数据，生物信息学家可以大幅加速项目迭代过程。AI Agent正在处理那些曾经因为时间和技术限制而被忽略的80%数据。14:22 - 药厂的"最后一公里"难题在生物医药，客户愿意为提升最后那5%的准确度，而支付5倍甚至100倍的价格。Kepler通过接入专业数据库和提供结构化输出，解决了通用大模型在生物医药专业领域"最后一公里"的问题。19:45 - AI Scientist的未来展望当前的AI Scientist更多是单点解决方案，专注于实验设计、文献查询等具体任务。未来将向端到端串联发展，但复杂的人机沟通仍然是实现真正AI Scientist的主要挑战。27:44 - 全职创业的心路历程Ashton和Quinn分享自己全职创业的心路历程、发展规划和底层动力。35:44 - 创业者的日常与成长创业的典型一天是怎么样的？怎么选择你的团队？如何定义成功与失败？身处硅谷，如何在这样一个信息爆炸的环境中自处？听创始人分享自己的思考和感悟。我们的小红书账号也开始运营啦！如果不想要错过我们的内容更新，欢迎大家关注我们的小红书账号 @八爪鱼bioctopus🐙 感谢收听！欢迎订阅、转发给身边感兴趣的朋友们！关于我们:小羊 - 生物科技公司生信岗打工人，专注于肿瘤精准医疗。什么都想学一学，想要成为生活杂家，攀岩烘焙修炼中。Alex - 计算机生物PhD在读，梦想成为生命探险家，过有趣的一生。小泽 - 非典型生物物理学博士生，从力学跳槽到生物领域，身体力行成为了无知者无畏的真实写照😅，目前专注单细胞测序技术开发。
本期节目深入探讨生物医药领域最火热的前沿技术：类器官。我们邀请到了国内类器官公司的一线研发者，揭秘类器官如何替代动物实验、加速抗癌药筛选、甚至未来实现“器官定制”。从肝脏毒性测试到皮肤芯片国家标准，从肿瘤精准医疗到全脑类器官的伦理争议，带你看懂类器官的现在与未来。时间轴00:00 – 开场：辉瑞减肥药翻车，为什么动物实验救不了新药？ FDA推进类器官替代动物实验：为什么动物模型不靠谱？03:11 – 类器官是什么？从海绵（是一种动物！）自组织到iPSC干细胞革命 请看文尾图：）07:10 – 类器官 vs 器官芯片：城市 vs 高速公路系统 类器官是三维细胞团，器官芯片为其提供微流体“营养公路”09:46 – 类器官实战应用 肝脏毒性检测：一颗类器官100元，提前筛出60%漏检毒物 皮肤芯片：国内首个国家标准，替代兔子滴眼实验，欧莱雅早期探索 肿瘤替身：患者活检样本2–3周试多药，加速精准治疗 全脑类器官：40天胎儿脑模型引发“意识风险”伦理讨论 再生医学：全球首例唾液腺移植成功，未来或替代肝肾移植36:12 – 行业现状 国内上下游80+公司参与展会，但重要外支架Matrigel仍被美国CORNING垄断 政府基金入场，痛点：标准化缺失、患者认知不足45:54 – 自动化设备：液滴工程如何实现高通量生产？51:39 – 主讲人的小红书使命：让更多人知道类器官的存在 “患者不知道类器官，才是最大阻碍！”52:11 – 结尾重磅新闻：NIH成立类器官标准化中心 美国国立卫生研究院设立SOM Center，推动类器官替代动物实验（小编偷偷放的网图 嘘🤫关于我们：小羊 - 生物科技公司生信岗打工人，专注于肿瘤精准医疗。什么都想学一学，想要成为生活杂家，攀岩烘焙修炼中。Alex - 计算机生物PhD在读，梦想成为生命探险家，过有趣的一生。小泽 - 非典型生物物理学博士生，从力学跳槽到生物领域，身体力行成为了无知者无畏的真实写照😅，目前专注单细胞测序技术开发。
本期节目是生物医药咨询主题的下半场，我们继续与神经生物学PhD、咨询顾问Susie深度对话。揭秘咨询公司到底是如何在药企背后运筹帷幄，并解析全球医药市场的最新趋势。八爪鱼温馨提醒：本期为咨询主题下半场，如果感兴趣转型经验+行业入门，建议收听EP6.1。时间轴：00:00 – 开场介绍本期聚焦四大板块：市场准入、战略咨询、全球拓展、商业优化。02:10 – 市场准入：药价怎么定？保险公司凭什么说了算？访谈医疗保险和资深医生、建立定价模型，药企定价背后的逻辑大揭秘。13:25 – 战略咨询：10 年后的阿尔茨海默市场要怎么玩？以阿兹海默为例，讲述从 patient journey 到文献综述，咨询公司如何帮助药企预测未来市场格局。24:40 – 全球化挑战：医保、政策、流行病学差异下的市场进入难题。32:50 – 商业战略优化：药效好不够，还要能卖得动专利期、竞争格局、定价博弈，咨询顾问如何帮药物商业成功。42:00 – 近几年的行业趋势探究，为什么大药企都在缩减科研开支？关于我们:小羊 - 生物科技公司生信岗打工人，专注于肿瘤精准医疗。什么都想学一学，想要成为生活杂家，攀岩烘焙修炼中。Alex - 计算机生物PhD在读，梦想成为生命探险家，过有趣的一生。小泽 - 非典型生物物理学博士生，从力学跳槽到生物领域，身体力行成为了无知者无畏的真实写照😅，目前专注单细胞测序技术开发。
本次节目八爪鱼邀请到了在北美精品生物医药咨询公司工作的Susie博士，聊了聊我们一直好奇的生物医药咨询行业。节目分为上下两期，本期聚焦PhD转型咨询的经验分享，下一期节目将会给大家带来更多生物医药咨询的行业洞见。时间轴：00:00 – 开场介绍嘉宾Susie：神经生物学PhD转型咨询，现就职于北美精品生物医药咨询公司。02:35 – 咨询公司的“魔幻”案例：从纽约垃圾桶到苹果供应链纽约市政府花200万请麦肯锡设计新垃圾桶为何被骂？苹果的废料回收和阿联酋国民银行的AI转型又如何在咨询公司的帮助下如虎添翼？20:55 – Susie的转型故事：从实验室老鼠到商业战场PhD中期觉醒之路：如何逃离5个月才能验证一个假设的神经生物学研究？29:00 – 生物医药咨询面试通关秘籍Case interview刷题准备面试；快速学习能力成为咨询人必备技能。33:42 – 咨询顾问的日常：每天写PPT？干到最后变销售？39:12 – 咨询是终点吗？Susie对未来的的职业规划。关于我们:小羊 - 生物科技公司生信岗打工人，专注于肿瘤精准医疗。什么都想学一学，想要成为生活杂家，攀岩烘焙修炼中。Alex - 计算机生物PhD在读，梦想成为生命探险家，过有趣的一生。小泽 - 非典型生物物理学博士生，从力学跳槽到生物领域，身体力行成为了无知者无畏的真实写照😅，目前专注单细胞测序技术开发。
本期节目是八爪鱼的一次全新尝试：我们希望以明星公司为切入点，聊聊背后的行业趋势与发展。这一期，我们聚焦近期热度颇高的 Tempus AI，以及它所代表的精准医疗赛道。欢迎收听！02:28 – Tempus AI在资本市场浮浮沉沉：佩洛西抛售英伟达、苹果，重仓Tempus AI；做空机构严重指控；Tempus AI为何是市场焦点03:48 – 精准医疗的本质突破：从“千人一方”到基因定制疗法，如何通过基因组测序、电子病历和生活方式数据实现个性化治疗？16:05 – 创始人Eric的争议人生：“被女友甩后卖地毯年入十几万"——Groupon黑历史与癌症数据帝国的诞生。22:10 – 创业契机：妻子患癌暴露的行业痛点，“医生治疗没有数据支持，因为没有完整数据库”，Tempus如何从绝望中诞生？25:40 – Tempus AI领跑的核心：医生下单到获取报告的完整流程解析。27:55 – 盈利模式的争议：数据授权给药厂年收千万美元，AI只是噱头？32:32 – 做空报告实锤Tempus AI？ 患者年龄标记错误、样本记录矛盾，前员工爆料“不在乎科学”。37:33 – AI医疗火热，Tempus AI为何领跑？关于我们:小羊 - 生物科技公司生信岗打工人，专注于肿瘤精准医疗。什么都想学一学，想要成为生活杂家，攀岩烘焙修炼中。Alex - 计算机生物PhD在读，梦想成为生命探险家，过有趣的一生。小泽 - 非典型生物物理学博士生，从力学跳槽到生物领域，身体力行成为了无知者无畏的真实写照😅，目前专注单细胞测序技术开发。
在这期节目中，我们邀请到刚刚从美国医学院毕业的Nina，分享她成为医生的心路历程。从希波克拉底誓言的仪式感，到AI在医疗中的应用，再到不同科室的收入差异和职业选择，Nina用真实的故事和深刻的思考，带我们走进医学生的世界。时间轴：00:00 – 本期嘉宾Nina是刚从美国医学院毕业的新晋医生，即将开始内科住院医培训“签工作合同时，感觉像签了卖身契——人生的一部分已经属于医学。”03:36 – 美国医学院的4+4培养体系四年本科+四年医学院的学制和申请医学院的隐形门槛，USMLE（美国医师执照考试）与专科选择。11:30 – 面对生离死别：医生的情感挑战“病人永远是医生最好的老师，他们活在我的心里。”13:42 – AI在医疗中的应用AI书写员、OpenEvidence，AI融入医生生活的机遇与挑战。26:13 – 科室收入差异与职业选择，以及中美医疗体系的差异37:56 – 学医的代价与坚持“1/3的美国医生至少被告过一次。”42:37 – 结尾：对医学的敬畏与热爱“不要神化医生，职业和做人是两码事。脚踏实地，仰望星空。”关于我们:小羊 - 生物科技公司生信岗打工人，专注于肿瘤精准医疗。什么都想学一学，想要成为生活杂家，攀岩烘焙修炼中。Alex - 计算机生物PhD在读，梦想成为生命探险家，过有趣的一生。小泽 - 非典型生物物理学博士生，从力学跳槽到生物领域，身体力行成为了无知者无畏的真实写照😅，目前专注单细胞测序技术开发。
五一劳动节特辑来啦！在这期节目里八爪鱼和你一起深度探讨「向上管理」的生存智慧。从实验室到职场，从讨薪特种兵到导师安抚大师，聊聊那些我们与老板相处的实用经验。时间轴：01:10 - 选组如嫁人：决定未来5年幸福的关键选择05:33 - 小泽谈好老板的黄金标准：有钱+给试错空间09:01 - 微观管理（Micromanagement）的窒息体验每两小时Slack查岗？Alex被质问"为什么没抄送我"？13:53 - 老板的格局决定牛马的破局19:20 - 人文关怀重要吗？破洞牛仔裤引发的实验室温情回忆27:21 - 讨薪大作战小羊历经大半年拉锯战最终涨薪成功的血泪史。35:37 - 老板预期管理：为什么总说"下周就能好"是灾难？42:48 - 会议纪要救大命："青天大老爷，这是你昨天让我做的！"关于我们：小羊 - 生物科技公司生信岗打工人，专注于肿瘤精准医疗。什么都想学一学，想要成为生活杂家，攀岩烘焙修炼中。Alex - 计算机生物PhD在读，梦想成为生命探险家，过有趣的一生。小泽 - 非典型生物物理学博士生，从力学跳槽到生物，身体力行成为了无知者无畏的真实写照😅，目前专注单细胞测序相关技术开发。
2025年2月20日，罗氏发布了全新测序技术SBX（Sequencing by Expansion），引发业界关注。SBX发布会上宣传的测序准确性达到Q39令人震惊，但这究竟是技术革命还是虚张声势？本期节目中，新主播小泽和小羊将带你深入解析SBX测序技术的核心创新、亮点和潜在局限，探讨其在学界和业界的应用前景。时间轴：00:00 – SBX测序技术来了！小羊和新主播小泽带你聚焦罗氏SBX测序技术！03:12 – 罗氏的测序执念：一路的收购与尝试从454测序技术到最新的SBX技术，罗氏十几年在测序领域屡次尝试与挣扎背后的故事。05:06 – 纳米孔技术 vs. Illumina：测序到底怎么测？详细解读纳米孔测序与illlumina测序技术的根本区别，以及Roche副总裁“我们高效测序DNA的办法是不测序DNA”的神秘含义。07:09 – 什么是Xpandomer？罗氏的技术秘密武器深度剖析SBX的核心Xpandomer技术如何实现信号增强，让测序更清晰、更高效。08:45 - SBX是纳米孔测序，但是为什么测不长？作为纳米孔测序的SBX，为什么最终的测序长度止步在一两千？10:25 – SBX的技术优势在哪里？从“flexible operation”，到惊人的高通量和高准确度，小泽为你深度解读SBX的多维优势。21:21 – SBX听起来很厉害，但它有哪些局限？新技术固然诱人，但价格未知加上技术的潜在局限，让想上桌吃饭的SBX面临挑战。27:49 – 学术界和工业界，谁更适合SBX？SBX能否真正挑战Illumina的江湖地位？小泽和小羊从各自领域的角度展开探讨。33:36 – 总结与展望：SBX的未来值得期待吗？SBX带来了短读长测序的新方案，尽管前景光明，但最终影响力还得看价格。参考资料： Roche的SBX测序发布的Webinar Recording：https://sequencing.roche.com/us/en/videos/webinar-sequencing-by-expansion-technology.html X-NTP以及Xpandomer的结构： 纳米孔读Xpandomer得到的清晰到肉眼可做basecalling的电信号（so crazyyyyyy。。。）： 大家一起来学习一下大佬名言："Our approach to efficiently sequencing DNA is to not sequence DNA." -- Mark Kokoris, Vice President, Head of SBX Technology at Roche Diagnostics Seattle.关于我们：小羊 - 生物科技公司生信岗打工人，专注于肿瘤精准医疗。什么都想学一学，想要成为生活杂家，攀岩烘焙修炼中。Alex - 计算机生物PhD在读，梦想成为生命探险家，过有趣的一生。小泽 - 非典型生物物理学博士生，从力学跳槽到生物，身体力行成为了无知者无畏的真实写照😅，目前专注单细胞测序相关技术开发。
八爪鱼bioctopus第一期节目来啦！在这里我们聚焦生物科技、医疗、AI的前沿动态，也分享个人成长的思考与实践。去年，Alex做了一个让人惊讶的决定：她从美国某药厂R&D部门的生信组辞职，选择回到学术界读博，目前是Berkeley的PhD Student👩🔬。在这期节目里，Alex分享了她的心路历程。时间轴：00:00 – 我们是谁？Alex和小羊开场打招呼，从生物科技到AI，从成长故事到行业八卦，咱们啥都聊！01:15 – 你疯了吧？！辞掉高薪工作去读博？小羊听说Alex要辞职去读博时，一脸震惊：“你之前的工作不是很不错吗？”Alex讲述自己的纠结——是继续稳定工作，还是追求更深层次的科研？02:49 – 读博到底是信仰，还是现实考量？Alex回忆自己大学时的“跟风”心理，聊聊当初为什么没有立刻选择读博，而是先工作了几年再回到学术圈。06:48 – 学界 vs. 业界：科研的意义感从哪里来？是在学术圈深耕研究、突破未知？还是在业界把技术落地，真正改变患者的生活？Alex和小羊有着不同的答案。09:14 – 业界到底可以培养人吗？Alex读博的终极目标是成为独立的科研者、影响行业的决策者；那么业界能否给她带来这样的成长呢？12:10 – 没有 PhD，在业界会被轻视吗？讨论职场里“学历鄙视链”的现实情况。没有博士学位，真的意味着升职更慢、话语权更少吗？17:14 – 为什么我没有选择读博？小羊的思考既然行业里PhD偏多，为什么小羊没走这条路？21:49 – “小决定睁眼做，大决定闭眼做”这句研讨会上听来的话，彻底点醒了 Alex，也帮她下定了决心——有些事情，分析再多都没用，去做了才知道值得不值得。关于我们：小羊 - 生物科技公司生信岗打工人，专注于肿瘤精准医疗。什么都想学一学，想要成为生活杂家，攀岩烘焙修炼中。Alex - 计算机生物PhD在读，梦想成为生命探险家，过有趣的一生。小泽 - 非典型生物物理学博士生，从力学跳槽到生物领域，身体力行成为了无知者无畏的真实写照，目前专注于单细胞测序技术开发。
