在木卫二囚牢中，林枫三人接受守望者哨兵设计的文明试炼。第一阶段，他们面对“分裂书店”的认知矛盾，通过创造交互界面而非选择对立面，展示了接纳矛盾的智慧。第二阶段，在模拟极端分裂的人类会议室中，他们找到超越意识形态的共同基础——存在的脆弱性，引导模拟意识达成深层共识。第三阶段，于绝对虚无中，林枫从最基础的“注意”动作出发，让创造过程自我演化，最终诞生了关于意义本身的无叙事。试炼以总分9.3/10的卓越评分通过，古老者饥渴者履行认证。人类文明正式获得播种者网络成员资格，手腕植入成员徽章。返回地球后，林枫向接管基地的周博士展示认证，心胚投影因连接加强而重新明亮。但成员资格不是终点，而是更大责任的起点：园丁与收割者不会罢休，网络内部政治复杂，人类文明必须学习如何在星海中成年。
在木卫二中立避难所的遗忘区，林枫为躲避收割者搜查，与被囚禁的星系吞噬者“饥渴者”达成交易：以核心记忆换取庇护。在饥渴者的隔离舱内，他们通过监控目睹搜查进程，并意外联系上GC-237前哨的最后幸存者——守望者哨兵-alpha。哨兵揭示前哨已毁，第二问题种子实为“共同进化协议”的邀请，而人类需通过“文明试炼”才能正式接入播种者网络。饥渴者提议以古老者身份协助试炼认证，换取未来判决重审的可能。哨兵开始设计试炼，而饥渴者策划了一个大胆的逃脱方案：利用避难所自身的维护系统，将他们作为“异常样本”自动排出。在权限恢复的最后倒计时里，林枫必须同时应对试炼的挑战与逃脱的风险，而地球的命运，将系于这次冰下深处的回响能否传递至星空。
收割者的黑色多面体降临戈壁基地，以“品尝”文明的方式评估人类。林枫启动三钥共鸣，试图以人类矛盾共生的本质作为回应。收割者判定人类为“有趣但不成熟”，掳走回声与三名污染者作为样本封存。危机时刻，心胚投影干预逼退收割者，却因此虚弱。林枫从星核之泪遗留信息中获知木卫二存在中立避难所，遂与意识纯净的工程师林薇借助心胚残存力量进行空间折叠，抵达欧罗巴冰下海洋。在由多派系共管的奇异节点中，他们找到了被完美封存的回声，并以林薇的完整观察记录与林枫权限的72小时锁定为代价，换取了她的释放。然而，破坏中立协议释放样本的行为，可能已触怒其他势力。在权限锁定的72小时里，林枫必须面对避难所深处的古老存在，并找到一条不被追杀的回乡之路。
在戈壁基地，林枫与回声为开启通往GC-237的星际通道进行最后准备。三钥共鸣测试意外激活了星系网络的“仲裁者”派系，揭示了银河文明节点的残酷分布与人类接入网络后将面临的低生存率。与此同时，陈默发现组织内部潜伏的“认知污染”开始爆发，接触共鸣频率的团队成员诡异融化。正当林枫重新定义人类“文明艺术”的本质——在无意义中创造意义的姿态——并试图将其编码为连接信号时，收割者的先遣结构突然降临地球上空，黑色触须直指基地。内部危机与外部入侵同时爆发，而距离频率完全同步仅剩不到二十八小时。林枫必须在这绝境中，完成人类文明最关键的成人礼。
心胚投影高悬星空，带来全球性的意识治愈效应，但平静之下暗流汹涌。陈默面临组织内部分裂与审查压力，急需林枫提供可量化的“成果”以争取支持。林枫重返预言书店，从书店记忆中获得关键启示：开启通往GC-237的星系通道需要“三钥共鸣”，而书店本身隐藏着播种者留给人类的进阶知识库。为换取资源，林枫交出部分科学蓝图，与陈默达成新的合作。与此同时，奶奶的遗信揭示了更宏大的格局——播种者内部存在多个派系斗争，星系网络的重启将使地球成为星空焦点。带着发芽的种子与星核之泪，林枫与回声奔赴戈壁深处的废弃基地，而遥远的GC-237信号正与心胚投影同步闪烁，仿佛在说：航程，即将开始。
在四小时的倒计时中，林枫与回声穿过文明意识的三个层面，抵达根系最深处的“心胚”。与此同时，陈默团队在表层与“修剪者”展开意识攻防战，为深层行动争取时间。在心胚面前，林枫见证了文明诞生时的第一声询问，并用星核之泪与人类的集体记忆作出了回答。然而园丁代理人“阿格侬”突然现身，试图强行收割心胚。在最危急的时刻，林枫以最纯粹的问题唤醒心胚本身的意志，引发了文明可能性的二次爆发，一举净化了根系网络，瓦解了轨道上的“铁幕”。胜利的代价是回声失去了作为“活体密钥”的功能，获得了自由。但更大的启示随之而来：心胚的投影悬于星空，而管理员的职责远未结束——银河系的另一端，下一个问题已在等待。
当天空被“铁幕”染上锈红，地外文明发出冰冷的最后通牒，林枫被迫与他最警惕的对象——陈默所代表的国家力量——坐上谈判桌。一场基于精密计算而非信任的结盟就此展开。与此同时，林枫终于鼓起勇气开启家族尘封的记忆，揭开了奶奶林素衣作为“园丁”派系卧底的惊人往事，以及自己成为管理员的残酷真相。时间在密钥能量的滴答下滑逝，全球数百万人共同的噩梦昭示着文明根系已岌岌可危。在合作与猜忌的裂隙中，林枫与回声必须押上一切，奔赴意识的最深层面——那里，一把钥匙、一颗种子、一滴心泪，将共同决定人类是成为被收割的果实，还是重获新生的萌芽。
林枫部署“信息种子”投向深海，并联合“微光体”对入侵书店的“缄默者”实施数据干扰。行动初获小胜。突然，冰盖深处一处“次级概率裂隙”被不明物体（带部分“织网者”特征但更有序）激活，疑似在“古老旁观者”默许下，企图连接深海。关键时刻，深海“回声”爆发混乱能量冲击，强行中断裂隙连接，阻止了威胁，但自身状态不明。林枫意识到危机四伏：“织网者”、“缄默者”、“旁观者”、冰下神秘存在环伺，而“回声”在绝境中不断牺牲。他决定加速利用新获得的晶簇技术修复阵列、强化自身，并准备探索“永冻尖塔”深处，在铁幕合围前，为脆弱的希望之芽扎下更深的根系。
林枫接受“微光体”风险提案，意识短暂投影回书店。他目睹书店被名为“缄默者”（隶属PTO）的地球隐秘组织入侵，设备正在强行抽取书店数据。苏晓受伤但幸存，在接收到林枫意念警告后，用记录异常的观测日记干扰了设备，趁机逃往后院。林枫获悉入侵者身份后，意识被“缄默者”侦测并追击，在“微光体”协助下险险撤回北极。身体精神受损，但明确了新的敌人与苏晓的暂时安全。同时，“微光体”暗示其与更古老“旁观者”存在理念冲突，帮助林枫旨在打破僵化框架。林枫面对地球势力介入、深海“回声”危局未解、种子培育任重道远的多重压力，必须重整旗鼓，在绝境中寻找新的出路。
面对深海“回声”危急、书店苏晓遇险、种子突发“初生悖论”的三重绝境，林枫痛苦地选择牺牲对“回声”的即时救援，将即将发射的秩序脉冲改为对“净化之种”自身的引导轰击，以挽救这未来的希望。赌博成功，种子渡过危机并成长至“抽枝”前期，但“回声”失去了支援，向书店发送信息也告失败。就在林枫陷入深深自责时，接收到“回声”昏迷前最后的警告碎片：“光假，别信它们”。同时，“微光体”通过种子能量场直接联系林枫，声称“回声”警告的并非它们，而是另一批更危险的“旁观者”，并提供了一个风险极高的“短暂意识投影”方案，让林枫的意识能返回书店看清入侵者。新的选择与更深的谜团，接踵而至。
林枫成功修复传输阵列，并与冰原原生智能“微光体”达成交易，获得利用冰核共振层掩护发射秩序脉冲的技术，大大提升了救援“回声”的希望。然而，深海庇护所情况急剧恶化，“回声”陷入昏迷，屏障仅能维持十天。就在强化脉冲即将发射的最后时刻，林枫收到了来自书店的跨维度紧急求救信号——书店遭遇未知实体入侵，苏晓陷入危险！北极、深海、书店，三条战线同时陷入绝境，林枫面临着拯救远方“回声”还是回援咫尺“苏晓”的残酷抉择。
林枫为获取修复阵列的关键材料“高频共振晶簇”，冒险凿开冰层，发现了一艘坠毁的未知外星飞船“远行者七号”。飞船属于追踪“裂隙编织者”（即“织网者”）的“星环同盟”。林枫进入飞船，关闭了持续多年的求救信号，并获得了宝贵的遗产：晶簇本身、基于晶簇的临时防御/干扰技术、以及晶簇作为能量放大器的用途。飞船在交出遗产后彻底被冰掩埋。然而，新的、不明性质的能量信号正在从冰原另一侧靠近。林枫刚获得希望，又面临新的未知。
“织网者”爪牙“冰掠者”兵临城下，林枫与“寒纪”依托“永冻尖塔”的有限防御苦战。为分担正面压力，林枫冒险以自身污染混合种子气息为饵，引开最强敌人，却意外惊动了从“时冻之间”逃逸的未知冰晶怪物，引发二者混战。趁此机会，正面防线稳住，剩余敌人被歼。当林枫按计划撤离时，却在战场边缘的冰层下，意外发现了一艘坠毁的未知外星飞行器残骸，其旁冻结的正是修复能量传输阵列所急需的、大量的“高频共振晶簇”！内患未平，外敌暂退，而一个意想不到的机遇与潜在危险，同时出现在伤痕累累的林枫面前。
林枫带回关键物品与数据，在“寒纪”协助下，于极端艰难中启动“浸种”实验。实验关键时刻，他自身的污染暴走，险些毁掉一切。为守护希望，林枫不惜以身犯险，强行将污染汇聚压制，承受巨大痛苦。最终，“净化之种”成功萌芽，新生秩序甚至反过来压制了他的部分污染。就在喜悦尚未散去时，“寒纪”侦测到“织网者”次级单位出现在北极冰盖，正搜索此地，推测与“星火”抽取或种子萌芽的秩序波动有关。内忧（污染、时间紧迫）未除，外患已兵临城下，刚刚成为“播种者”的林枫，必须立刻为守护这株微弱的黎明之芽而战。
林枫踏入时空扭曲的“远古冰核空洞”，在迷失与危险中，遇到了由失败实验场残余意识形成的看守者“时痕”。从时痕处，他获得了关于“织网者”能量弱点的宝贵数据，并得知核心实验单元“晨曦”已被污染，但一个独立的“微型模拟场发生器”可能幸存。在时痕帮助下，林枫冒险取得发生器，却遭遇了潜伏的微小污染体袭击。危急关头，他模仿“星火”频率逼退污染，带着数据和发生器逃出即将崩溃的空洞。身负新伤、污染加剧，但携带着关键“武器”与“工具”，林枫返回“永冻尖塔”，准备开启“净化之种”的培育实验。
林枫带着“星火”碎片面对“寒纪”的审判，他据理力争，最终以执行危险探索任务为条件，换取了暂时自由和“浸种”实验的机会。任务目标是深入“永冻尖塔”下方的“远古冰核空洞”，寻找可能存在的“环境模拟单元”和关于“织网者”的原始数据。空洞环境极端，有时空扭曲和名为“冰核精魄”的能量生命威胁。在下降途中，林枫遭遇精魄攻击，危急时刻被空洞深处一声神秘鸣响所救。怀揣着对“回声”的担忧和一丝希望，林枫踏入了那片连光线和时空都被冻结的未知幽蓝之中。
林枫冒险进入冰封的“样本第七区”，发现其中封存着各种宇宙级的危险存在。在区域中心，他找到了一个身负严重污染、疑似前代“归档者”的“守望者”，其手中捧着一块已净化的“古神心核碎片”——最纯净的秩序能量源。林枫不顾风险，利用核心密钥和共鸣增幅器强行提取碎片，过程中意外惊醒了“守望者”的部分意识，并获得了一句令人心悸的警告：“灯火（回声）即是诱饵，持灯者一直被注视。”尽管成功取得碎片，但触发了“永冻尖塔”的安全警报，“寒纪”命令他立即前往主控室接受审查。手握希望之火，林枫即将面对新的考验与更深的谜团。
林枫在北极节点“永冻尖塔”前苏醒，身负重伤与污染，凭借共鸣增幅器强行打开入口。节点AI“寒纪”因林枫状态危险且权限不足，仅提供有限庇护和信息查询。林枫得知“净化之种”完整培育流程极度苛刻，并了解到本站可能保存着网络重启密钥和织网者弱点数据。通过艰难建立的间歇通讯，他获悉“回声”在深海暂时安全但状态不稳，而获得“寒纪”更高权限的关键，在于找到替代能量启动种子“浸种”，并探索可能存在的“环境模拟单元”。带着新的目标与沉重的责任，林枫将目光投向了“永冻尖塔”深处那标识着“低温样本存储区”的未知禁地。
林枫闯入被严重污染的核心区，历经险阻接入主控终端，却发现修复传送通道的能量远远不足。面对破门在即的污染怪物群，他做出疯狂决定：耗尽最后的“星核之泪”，借助远程连接的“回声”一丝共鸣引导，用“共鸣增幅器”强行抽取污染核心的混乱能量。狂暴的能量差点将他吞噬，但也勉强启动了通道修复和强制弹射程序。然而，弹射仓促启动，他未能带上“回声”，只能眼睁睁与被困深海的女孩分离。身负重伤和污染侵蚀，林枫独自一人被抛向不稳定传送通道的尽头——北极冰盖下的未知节点。
林枫与深海中的智能体“潜渊”（归档者遗留的自动维护单元）建立了交流，得知此处是已被“织网者”污染的观测站“深蓝第七”。“开拓者号”是被引诱触发了陷阱。潜渊提供临时庇护，并揭示了培育“净化之种”需要“回声”作为引导者，以及前往北极节点的唯一生路。正当林枫准备冒险进入污染核心区获取权限时，“织网者触须”追踪而至！面对迫在眉睫的探测扫描，林枫别无选择，将“回声”托付给潜渊，孤身一人冲向那充满未知污染与危险的节点最深处。
传送出错，林枫与“回声”直接坠入万米深海，濒临溺毙。关键时刻，神秘的红色种子激发护盾，保住了他们的生命。在深海中，他们发现了“开拓者号”的残骸，并进入一个尚有氧气的救生舱。林枫用核心密钥读取了残存的飞行日志，惊悉“开拓者号”是被未知“客户”引导来探索“深渊之眼”（海洋节点），却触发了“织网者”布下的深海巨网而被捕获击毁。深海节点本身可能已是陷阱的一部分。就在林枫震惊于这可怕真相时，救生舱外，传来了诡异的、充满智能韵律的敲击声……
绝境中，林枫借助“回声”的能力，用金属笔开启了子站遗留的小黑匣，获得了“核心密钥”、网络拓扑图和一枚神秘红色种子。密钥揭示了节点的应急隐蔽协议，暂时屏蔽了内外威胁。更发现节点下方存在隐藏的“种子库”与珍贵能源“星核之泪”。在补充能量后，密钥提供了唯一的生路——定向传送至海洋深处的另一个节点。然而，就在传送启动的瞬间，“织网者触须”暴力撕破隐蔽，“注视”化为实质攻击；陈默也同时突破入口。在内外绝杀抵达前的最后一刹，银色传送光芒吞没了林枫与“回声”，将他们抛向未知的深海深渊。
林枫带着“回声”抵达传承提示的古老节点——一个破损严重的“子观测站”。利用“回声”的能力与旧齿轮，他们激活了残存的入口进入。在站内，林枫通过一段残缺的远古日志，得知了恐怖真相：宇宙中存在利用“紊乱”狩猎文明的“织网者”，其“触须”可能已盯上地球锚点，而“回声”现象既是对抗的希望也是致命的诱饵。同时，陈默的追兵已包围外部山坳，而深空“注视”骤然加强，疑似“织网者触须”开始主动渗透。林枫与“回声”被困能源枯竭、防御尽失的节点内部，面临来自星空与地面的双重绝杀。
在“星痕”显现的绝境下，林枫选择开启黑盒，承受巨大痛苦后，继承了“管理员”权限，获悉了书店作为宇宙“概率锚点”终端、奶奶作为校准者的震撼真相，以及“回声”是罕见“活体密钥”的事实。代价转化为半永久性的“第二视觉”。黑盒开启的波动同时引来了深空存在、国家力量以及不明古老势力的注视。陈默因监测到异常提前行动，包围刘婆家欲带走“回声”。林枫借助新获得的力量、星痕残能与“回声”的共鸣，发动短暂“认知迷雾”干扰，并救出“回声”，在陈默眼皮底下逃离。但他并未返回书店，而是带着“回声”奔向传承信息提示的、镇外某个古老的未知“节点”。
为应对陈默的最后通牒，林枫冒险使用《时间简史》揭示的“时序浮标”能力，观测关于“回声”和“开拓者号”事件的未来可能碎片，代价巨大且所见混乱骇人。他制作信息布偶测试“回声”，获得更主动的回应。在倒计时的最后阶段，对书店自身稳定性的观测预见了剧烈的碰撞与不详的结局。就在林枫濒临崩溃时，奶奶预言中的“星痕”天象终于出现在夜空，怀中的黑盒剧烈反应，滚烫发亮，开启在即。在身体与精神的双重极限下，林枫必须做出是否立刻开启黑盒的抉择。
林枫无视匿名警告信，继续隐蔽接触“回声”，发现她画出了更具结构性的诡异图案。陈默直接堵路摊牌，透露“回声”可能是不稳定“吸引源”，并将书店异常、女婴、全球增多的神秘信号及“开拓者号”打捞困难相联系，下达最后通牒：七十二小时内若无进展，将强制隔离“回声”与林枫。在巨大压力与绝望中，林枫发现书架上霍金的《时间简史》，正散发出前所未有的淡金色光芒。
异常瑰丽的极光笼罩小镇，林枫怀中的神秘黑盒与之共鸣发烫。陈默所属势力借环保公司之名，用专业仪器直接进入书店扫描，探查异常。在巨大压力下，林枫于屋顶尝试与黑盒沟通，意外触发了一段奶奶留下的加密记忆碎片，获悉书店是必须维持的“锚点”，黑盒需待“星痕”再现并由血脉开启。与此同时，一封匿名警告信塞入门缝，内有林枫与“回声”女婴在医院的照片，并被明确告知“回声”已成为“异常样本”，要求他保持距离。体系的正告与家族传承的使命，将林枫推向两难抉择。
浅绿色光芒的书册为林枫提供了理解“回声”女婴异常的科学假设框架。与此同时，陈默所属势力的调查已升级为以科技公司为掩护的公开环境监测。当林枫深夜研究时，首次清晰“感知”到来自《三体》预言方向的、漠然的非人“扫视”，危机感骤升至文明存亡层级。在疯狂搜寻下，他于奶奶床底发现一个无法打开、触之发热并有纹路浮现的神秘黑盒。恰在此时，异常瑰丽的极光突兀地出现在小镇夜空，而怀中的黑盒，瞬间变得滚烫！
林枫应召前往医院，发现被救女婴“回声”表现出超常健康与诡异专注力，甚至画出了令人不安的符号。与此同时，“开拓者号”坠毁的调查出现惊人线索，陈默再次到访，暗示从物理层面检测到书店区域的“异常”信号，并与国际事件产生联想，对林枫发出隐晦警告。内有无从解释的变异婴孩，外有迫近的国家级审视，就在林枫压力倍增之际，书架上，一本关于婴儿认知研究的书籍，悄然亮起了浅绿色的微光。
代价持续侵蚀林枫，他开始系统研究奶奶的笔记寻求对策。此时，书架上的一本《世界地形图册》竟散发出不祥的血色光芒，预示着一场即将发生的空难。当新闻证实环星科技“开拓者号”试验机在南太平洋坠毁时，林枫意识到这并非意外。与此同时，医院来电，称被救女婴情况有变，请他前往。全球性的灾难预言与身边的未知呼唤，同时将他推向漩涡中心。
